Mysql Migration Toolkit has an issue with varchar different from varchar(255) : it considers that it is not useful to force utf8 for these fields !

Here is a solution, found here :

Dans la fenêtre “Source Database”, activer le bouton “Advanced” et compléter le champ “Connection string” avec :
jdbc:jtds:sqlserver://server:1433/database;user=user;password=password;useUnicode=true;domain=

Dans la fenêtre “Target Database”, activer le bouton “Advanced” et compléter le champ “Connection string” avec :
jdbc:mysql://server:3306/?user=user&password=password&useServerPrepStmts=false&useUnicode=true

,en remplaçant bien sur “server” et “database” par leurs valeurs respectives.

Ensuite, ne pas modifier les options qui permettent de changer l’encodage des caractères : les valeurs par défaut font l’affaire. Et voilà !